Das ist sehr stark von der engine abhängig: Im einfachstem fall sind die Shader Bestandteil der Engine. Prinzipell wird damit einfach eine neue "fixed" Pipeline gebaut. Dadurch kann man z.B. ein beleuchtungsmodell mit schatten realisieren.
In einer fortgeschrittneren engine sind die shader eher bestandteil der Modelle, jedoch ich dies sehr problmatisch, da z.B. auch extra vertexshader zum erzeugen von shadowmaps benötigt werden. Im gegensatz zur nachgebauten fixed function pipline kann hier der vertexshader zum beschleunigen von animationen verwendet werden. Neben den geometriedaten, den texturen müssen dann aber auch noch scripte o.Ä. im Model gespeicht werden, um den renderprozess zu steuern.
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